Politeknik Banjarnegara berdiri tanggal 11 Juni 2008 yang ditetapkan dengan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 100/D/O/2008 tentang Pemberian Ijin Penyelenggaraan Program-program Studi dan Pendirian Politeknik Banjarnegara di Banjarnegara. Politeknik Banjarnegara diselenggarakan oleh Yayasan Dipayuda Banjarnegara, dengan mendapatkan apresiasiasi melalui Peraturan Daerah Kabupaten Banjarnegara Nomor 13 Tahun 2008 tentang Penjaminan Pemerintah Kabupaten Banjarnegara terhadap Pendirian dan Penyelenggaraan Politeknik Banjarnegara.
Politeknik Banjarnegara sejak awal berdiri memiliki 3 Program Studi yang dipilih berdasarkan potensi sumberdaya wilayah, sumberdaya manusia, permasalahan dan tantangan yang dihadapi Kabupaten Banjarnegara dan kabupaten di sekitarnya. Pada waktu itu 3 Program Studi (Prodi) yang dimaksud adalah DIII Kebidanan, DIII Malariologi dan DIII Agroteknologi. Namun kemudian setelah melalui berbagai pertimbangan Program Studi DIII Malariologi secara nomenklatur diubah menjadi DIII Kesehatan Lingkungan dengan peminatan Pengendalian Vektor yang dititikberatkan pada penyakit malaria. Adapun Program Studi DIII Kebidanan juga memiliki penciri yaitu di bidang Kebidanan Komunitas, sedangkan untuk Program Studi DIII Agroteknologi membidangi pertanian dari hulu hingga hilir. Seiring berjalannya waktu dengan mengikuti perkembangan serta kebijakan pemerintah Indonesia, pada tahun 2019 ada perubahan nomenklatur untuk Program Studi DIII Agroteknologi menjadi DIII Agroindustri.
Hingga saat ini perubahan kurikulum selalu dilakukan melalui proses peninjauan untuk menyesuaikan dengan kebutuhan pasar lulusan. Politeknik Banjarnegara juga berkomitmen untuk menjaga dan meningkatkan kualitas melalui Audit Mutu Internal yang dilakukan oleh Unit Penjaminan Mutu dan Audit Eskternal (Akreditasi) baik Institusi maupun program studinya melalui BAN-PT dan LAMPT-Kes. Politeknik Banjarnegara secara institusi telah meraih predikat Akreditasi Baik oleh BAN-PT. Program Studi DIII Kebidanan dan DIII Kesehatan Lingkungan meraih predikat Akreditasi Baik Sekali oleh LAMPT-Kes dan Program Studi DIII Agroindustri meraih predikat Akreditasi Baik oleh BAN-PT. Peningkatan kualitas lulusanpun dilakukan dengan menyelenggarakan Uji Kompetensi sesuai bidang ilmu baik diselenggarakan secara mandiri maupun secara nasional. Dengan demikian alumni Politeknik Banjarnegara selalu dapat diterima di dunia kerja sesuai dengan bidang ilmunya masing-masing.